스타트업 스톡옵션, 행사할 때 세금은 얼마나 나올까

스타트업 개발자가 스톡옵션을 받으면 보통 "회사가 잘되면 큰돈"이라는 생각부터 합니다. 그런데 세금은 주식을 팔 때가 아니라 행사하는 순간 먼저 붙습니다. 행사 당시 시가와 행사가격의 차이가 소득으로 잡히고, 그 소득은 월급과 합쳐 누진세율로 과세됩니다. 아직 한 주도 팔지 않아 현금이 없는데 수천만 원의 세금 고지가 먼저 올 수 있다는 뜻입니다. 소득세법과 조세특례제한법 원문으로 어떤 소득으로 잡히는지, 벤처기업 특례가 얼마나 덜어 주는지 계산했습니다.

한눈에 보기

법령 기준일은 2026년 10월 5일입니다. 조세특례제한법과 시행령은 2026년 9월 18일 시행본, 소득세법은 2026년 7월 1일 시행본, 소득세법 시행령은 2026년 10월 1일 시행본이 현행입니다.

재직 중이면 근로소득, 퇴사 후면 기타소득

법은 스톡옵션을 언제 행사했는지로 소득을 나눕니다. 소득세법 시행령 제38조제1항제17호는 임원 등이 회사(또는 특수관계 법인)에서 받은 주식매수선택권을 그 회사에서 근무하는 기간 중 행사해 얻은 이익을 근로소득으로 봅니다. 반면 소득세법 제21조제1항제22호는 퇴직 전에 받은 주식매수선택권을 퇴직 후에 행사해 얻은 이익을 기타소득으로 정합니다.

어느 쪽이든 금액은 같습니다. 행사 당시 시가에서 실제로 낸 행사가격을 뺀 차액입니다. 차이는 계산 방식에서 납니다.

• 근로소득이면 연봉과 합쳐 총급여가 되고, 총급여에 따라 근로소득공제(소득세법 제47조, 한도 2천만 원)가 조금 더 커집니다. 행사이익이 클수록 공제가 늘어나는 폭은 2%뿐이라 효과는 작습니다.
• 기타소득이면 지급할 때 20%를 원천징수하고(소득세법 제129조제1항제6호라목), 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 다른 소득과 합쳐 정산합니다. 원천징수 20%는 최종 세금이 아니라 선납이라서, 다른 소득과 합친 세율 구간이 높으면 5월에 더 냅니다.

두 경우 모두 결국 종합소득세율(제55조)이 적용됩니다. 과세표준 1억 5천만 원 초과 3억 원 이하 구간은 38%, 3억 원 초과 5억 원 이하는 40%, 5억 원 초과는 42%와 45%입니다. 행사이익이 몇억 원이면 대부분이 이 높은 구간에 걸립니다. 여기에 개인지방소득세가 따로 붙습니다(지방세법 제92조).

벤처기업 스톡옵션은 연 2억 원까지 비과세

조세특례제한법 제16조의2는 벤처기업(또는 벤처기업이 발행주식의 30% 이상을 인수한 기업)의 임직원이 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션을 행사해 얻은 이익 중 연간 2억 원 이내에는 소득세를 매기지 않습니다. 다만 같은 벤처기업에서 받은 비과세 누적액은 5억 원을 넘을 수 없습니다. 퇴직 후에 행사하는 경우도 포함한다고 조문에 적혀 있어서, 퇴사한 개발자도 받을 수 있습니다.

대상 스톡옵션은 벤처기업육성에 관한 특별법 제16조의3에 따라 받은 것과, 코넥스 상장기업이 상법에 따라 부여한 것으로 한정됩니다(제16조의2제2항). 회사가 벤처기업 확인을 받은 상태에서 벤처기업법에 따라 부여했는지가 출발점이므로, 부여계약서에 근거 법률이 무엇으로 적혀 있는지 먼저 확인할 필요가 있습니다.

연 2억 원 한도는 해마다 새로 적용되므로 행사를 여러 해에 나누면 비과세 금액이 커집니다. 예를 들어 행사이익 4억 원을 한 해에 몰아 행사하면 2억 원만 비과세지만, 두 해에 2억 원씩 나눠 행사하면 4억 원 전부가 비과세입니다(누적 5억 원 이내). 물론 행사 시점마다 시가가 달라지므로 실제 결과는 주가에 달려 있습니다.

비과세를 넘는 부분: 분할납부와 과세이연

비과세 한도를 넘는 행사이익에는 두 가지 선택지가 있습니다. 둘 다 2027년 12월 31일 이전에 부여받은 스톡옵션에만 적용됩니다.

분할납부 특례(제16조의3)

행사이익에 대해 원천징수를 하지 않고, 다음 해 종합소득세 확정신고 때 행사이익 관련 세액의 5분의 1만 내고, 나머지 5분의 4는 이후 4개 연도에 4분의 1씩 나눠 냅니다. 행사이익 관련 세액은 "행사이익을 포함한 결정세액 − 행사이익을 뺀 결정세액"으로 계산합니다(시행령 제14조의3제1항). 신청은 행사한 달의 다음 달 5일까지 회사(원천징수의무자)에 특례적용신청서를 내는 방식이고, 기한을 놓쳤다면 다음 해 종합소득세 확정신고 때 세무서에 직접 낼 수 있습니다. 행사가격과 시가의 차액을 주식이 아닌 현금으로 받는 경우에는 적용되지 않습니다.

과세이연 특례(제16조의4)

행사할 때는 소득세를 과세하지 않고, 그 주식을 팔 때 양도소득세로 과세합니다. 근로소득·기타소득의 최고 45% 세율 대신 주식 양도소득세율이 적용되므로 효과가 큽니다. 대신 요건이 까다롭습니다.

• 벤처기업육성법 제16조의3에 따른 스톡옵션이어야 하고, 행사일부터 거꾸로 2년이 되는 날이 속한 과세기간부터 행사일까지 전체 행사가액 합계가 5억 원 이하여야 합니다.
• 스톡옵션 부여 결의일 현재 발행주식 10% 초과 주주, 지배주주, 모두 행사하면 10%를 넘게 되는 사람 등은 제외됩니다(시행령 제14조의4제1항).
• 행사일 전날까지 회사에 특례적용신청서와 전용계좌 개설확인서를 내야 하고, 그 계좌에서는 행사로 받은 주식만 거래해야 합니다.
• 행사일부터 1년이 지나기 전에 팔거나 증여하면 특례가 취소되고 근로소득·기타소득으로 과세됩니다(제16조의4제5항).
• 행사가격이 부여 당시 시가보다 낮았다면 그 차액(시가 이하 발행이익)은 행사 때 바로 과세됩니다.

양도소득금액은 "양도가액 − (행사가격과 부여 당시 시가 중 큰 금액) − (비과세된 금액 − 시가 이하 발행이익 중 비과세된 금액)"으로 계산합니다(제16조의4제3항). 그리고 원래는 양도소득세 대상이 아닌 상장주식 소액주주 장내 거래라도, 이 특례로 받은 주식이면 양도소득세를 낸다고 조문에 명시돼 있습니다(제2항).

가상 계산: 개발자 A씨의 행사이익 4억 원

가상 벤처기업 가나랩에 다니는 개발자 A씨의 사례입니다. 2024년에 벤처기업육성법에 따라 스톡옵션 2만 주를 받았고, 행사가격은 주당 5,000원으로 부여 당시 시가와 같습니다. 2026년 행사 시점 시가가 주당 25,000원이라 행사이익은 (25,000 − 5,000) × 2만 주 = 4억 원입니다. A씨의 연봉(총급여)은 6,000만 원이고, 행사이익이 없을 때 종합소득 과세표준은 4,000만 원이라고 가정합니다. 세액공제 변화와 지방소득세는 계산에서 뺐습니다.

①에서 총급여는 2억 6,000만 원이 되어 근로소득공제가 1,275만 원에서 1,795만 원으로 520만 원 늘어납니다. 그래서 과세표준은 2억 원이 아니라 1억 9,480만 원 늘어납니다. 2억 3,480만 원에 대한 산출세액은 3,706만 원 + (8,480만 원 × 38%) = 6,928만 4천 원이고, 행사 전 474만 원과의 차이가 약 6,454만 원입니다. ②는 근로소득공제가 한도 2,000만 원에 걸리고 세율 40% 구간까지 올라갑니다. ③은 근로소득공제가 없어 ①보다 세금이 조금 많고, 행사 때 2억 원의 20%인 4,000만 원이 먼저 원천징수됩니다.

①에 분할납부 특례를 쓰면 약 6,454만 원을 한 번에 내지 않고 다음 해 5월 신고 때 약 1,291만 원(5분의 1)을 내고, 그 뒤 4년 동안 매년 약 1,291만 원씩 냅니다. 세금 총액은 같지만 주식을 팔지 않고도 세금을 감당할 시간이 생깁니다.

과세이연 특례를 쓰면 전체 행사가액이 1억 원(5,000원 × 2만 주)으로 5억 원 이하라 요건을 갖출 수 있습니다. 행사 때 세금은 없고, 1년 넘게 보유한 뒤 주당 30,000원에 모두 판다고 하면 양도소득금액은 6억 원 − 1억 원 − 2억 원(비과세분) = 3억 원입니다. 가나랩이 중소기업이고 A씨가 대주주가 아니라면 세율은 10%(소득세법 제104조제1항제11호나목)라서, 양도소득 기본공제 250만 원을 빼면 양도소득세는 2,975만 원입니다. 행사 이후 오른 주가 상승분까지 포함한 금액이 근로소득 과세의 절반 이하가 되는 셈입니다. 반대로 주가가 행사 후 크게 떨어졌다면 ①처럼 행사 시점에 높게 매겨진 세금을 되돌려 받을 방법이 없다는 점에서도 과세이연이 위험을 줄여 줍니다.

흔한 오해

• "주식을 안 팔았으니 세금도 없다": 행사 시점에 시가와 행사가격의 차액이 소득이 됩니다. 비상장 주식은 팔기 어려운데 세금은 현금으로 내야 하므로 행사 전에 세금 재원을 계산해야 합니다.
• "퇴사하면 비과세를 못 받는다": 벤처기업 비과세(제16조의2)는 퇴직 후 행사도 포함한다고 명시돼 있습니다.
• "원천징수 20%로 끝난다": 퇴사 후 행사의 기타소득 원천징수는 선납입니다. 종합소득에 합산되면 38~45% 구간이 적용될 수 있어 5월에 차액을 더 냅니다.
• "특례는 계속된다": 세 가지 특례 모두 2027년 12월 31일 이전 부여분까지만 적용됩니다. 이후 부여분은 세법 개정 여부를 따로 확인해야 합니다.

정리

스톡옵션 세금은 행사하는 해에 몰려서 나옵니다. 재직 중 행사는 근로소득, 퇴사 후 행사는 기타소득이고 어느 쪽이든 누진세율이 적용됩니다. 벤처기업 스톡옵션이라면 연 2억 원(회사별 누적 5억 원)까지 비과세이고, 넘는 부분은 5년 분할납부나 양도 시점 과세이연으로 부담을 나눌 수 있습니다. 행사 전에 부여 근거 법률, 회사의 벤처기업 확인 여부, 전체 행사가액 5억 원 요건, 신청 기한(분할납부는 행사한 달의 다음 달 5일, 과세이연은 행사일 전날)을 먼저 확인하는 것이 세금을 가장 크게 바꿉니다. 공제가 과세표준과 한계세율을 거쳐 세금으로 바뀌는 과정은 연말정산 신용카드 소득공제 계산에서도 같은 방식으로 따져 봤습니다.

참고 자료

• 국가법령정보센터: 조세특례제한법 제16조의2(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례), 2026년 9월 18일 시행본
• 국가법령정보센터: 조세특례제한법 제16조의3(벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례)
• 국가법령정보센터: 조세특례제한법 제16조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례)
• 국가법령정보센터: 조세특례제한법 시행령 제14조의2~제14조의4, 2026년 9월 18일 시행본
• 국가법령정보센터: 소득세법 시행령 제38조(근로소득의 범위), 2026년 10월 1일 시행본
• 국가법령정보센터: 소득세법 제21조(기타소득), 2026년 7월 1일 시행본
• 국가법령정보센터: 소득세법 제47조(근로소득공제)
• 국가법령정보센터: 소득세법 제55조(세율)
• 국가법령정보센터: 소득세법 제103조(양도소득 기본공제)·제104조(양도소득세의 세율)
• 국가법령정보센터: 소득세법 제129조(원천징수세율)
• 국가법령정보센터: 지방세법 제92조(개인지방소득세 세율), 2026년 7월 1일 시행본